Träger des Selma Stern Zentrums für Jüdische Studien Berlin-Brandenburg sind die Humboldt-Universität zu Berlin, die Freie Universität Berlin, die Technische Universität Berlin, die Universität Potsdam, die Europa-Universität Viadrina Frankfurt (Oder), das Abraham Geiger Kolleg (aktuell ruhend), das Moses Mendelssohn Zentrum für europäisch-jüdische Studien und die Hochschule für Musik Franz Liszt Weimar.

Die Gremienstruktur des Zentrums sieht vier Ebenen vor:

1. Das Kuratorium setzt sich aus je einem Vertreter der Leitungsorgane der acht Träger. Das Kuratorium berät das Direktorium in allen Angelegenheiten, die von grundsätzlicher und besonderer Bedeutung sind.
2. Das Direktorium besteht aus je einem Vertreter oder einer Vertreterin der beteiligten Träger. Es entscheidet in allen Belangen des Zentrums und legt gegenüber dem Kuratorium jährlich Rechenschaft ab.  
3. Aus dem Direktorium wird im jährlichen Rotationsverfahren jeweils ein Mitglied der Vertreter der Universitäten als Sprecher/Sprecherin gewählt.
4. Inhaltlich wird die Arbeit des ZJS durch einen Wissenschaftlichen Beirat aus maximal fünf Personen begleitet, der durch das Kuratorium besetzt wird.