Das Direktorium des ZJS setzt sich aus professoralen Vertreter:innen zusammen, die von der jeweiligen Trägerinstitution entsandt werden. Als interdisziplinäres und transinstitutionelles Expertengremium sichert es wissenschaftich die Kompetenz ab und gibt Impulse zur Weiterentwicklung der Jüdischen Studien in der Wissenschaftsregion. Es initiiert disziplinen- und institutionenübergreifende Projekte und Veranstaltungen, befasst sich mit den laufenden Geschäften des Zentrums und legt das wissenschaftliche Programm des ZJS fest und entscheidet über die Assoziierung von (Nachwuchs-)Wissenschaftler:innen mit dem ZJS. Darüber hinaus gehören Aufbau und Ausgestaltung von nationalen wie internationalen Kooperationen zu seinen Aufgaben. Seine einzelnen Mitglieder fungieren dabei zugleich als Kommunikator:innen zwischen dem ZJS und den Trägerinstitutionen. Das Direktorium ist dem Kuratorium rechenschaftspflichtig und tagt in der Regel monatlich.

Die jährlich rotierende Sprecher:innenfunktion hat zum akademischen Jahr 2025/26 Prof. Dr. Kerstin Schoor (EUV) inne; zum WiSe 2026/27 übernimmt Prof. Dr. Reimund Leicht das Sprecheramt.